Der Hamburger Hafen pflegt eine enge Zusammenarbeit mit Häfen entlang der Unterelbe sowie der Nord- und Ostsee, um gemeinsam im internationalen Wettbewerb aufzutreten. Ziel ist es, die günstige verkehrsgeografische Lage zwischen Nord- und Ostsee optimal zu nutzen und Norddeutschland als Hafenregion mit gemeinsamen Interessen und eigener Identität noch stärker zu positionieren. Konkrete Maßnahmen der Kooperation sind unter anderem der regelmäßige Informations- und Know-how-Austausch der Hafenverwaltungen über Hafenplanungen und Entwicklungen, eine enge Zusammenarbeit bei Fragen der Unternehmensansiedlungen und Flächenvergabe sowie ein gemeinsames Marketing, um die konkreten Standortvorteile der beteiligten Häfen herauszustellen.

Über den Elbe-Seitenkanal und dem Mittellandkanal ist der Hamburger Hafen mit dem deutschen Binnenwasserstraßennetz verbunden. Besonders für die Abwicklung der mittelfristig erwarteten Zuwächse im Containerverkehr bieten sich Binnenhäfen als leistungsfähige Verkehrsdrehscheiben im Hinterland an. Die meisten Standorte sind trimodal ans Schienen-, Wasserstraßen- und Autobahnnetz angebunden und wickeln sowohl Massengut- als auch Stückgut-, Container- und Schwerlastverkehre ab. Durch die partnerschaftliche Zusammenarbeit zwischen den Binnenhäfen entsteht ein hohes Entwicklungspotenzial in der nachhaltigen Gestaltung eines multimodalen Seehafenhinterlandverkehrs.

Für den internationalen Wissens- und Technologietransfer ist es wichtig, sich auch über die Ländergrenzen hinweg mit Partnern auszutauschen. Durch einen Erfahrungsaustausch über Infrastrukturprojekte, marktrelevante Trends, innovative IT-Lösungen und vieles mehr, können die Partnerhäfen voneinander lernen und die wirtschaftlichen Verbindungen beider Länder stärken. Die erste offizielle Hafenpartnerschaft Hamburgs wurde bereits 1992 mit dem Hafen von Yokohama in Japan geschlossen.