Mit 106 Liegeplätzen rund 10.000 jährlichen Anläufen durch Binnenschiffe, ist der Hamburger Hafen einer der wichtigsten Binnenhäfen in Deutschland. Hamburg ist ideal gelegen, um Märkte wie Berlin und Hannover über die Binnenschifffahrt zu bedienen. Das verbleibende Nadelöhr, das Schiffshebewerk Scharnebeck, wird derzeit erneuert, um die Kapazität und damit die Wirtschaftlichkeit des Binnenschiffsverkehrs in der Zukunft zu erhöhen. Die Eröffnung ist für die 2030er Jahre vorgesehen.
Im Jahr 2022 wurden insgesamt 117.000 TEU per Binnenschiff im Hinterlandtransport bewegt. Hinzu kommen rund 131.000 TEU Umfuhren per Binnenschiffen im Hamburger Hafen. Bei der Tonnage gehen rund 7,5Millionen Tonnen in die Statistik 2022 ein. Stärkste Gütergruppen sind Kokerei- und Mineralölerzeugnisse, Erze, Steine und Erden, Bergbauerzeugnisse sowie Kohle, rohes Erdöl und Erdgas.