Im wasserseitigen Umschlag ist der Hamburger Hafen hocheffizient und auch der Weitertransport von Gütern auf den Wasserwegen im Binnenland gehört zu den Stärken des größten deutschen Seehafens. Neben Feeder-, LKW- und Bahnverbindungen bietet die Binnenschifffahrt für Massen- und Gefahrgüter sowie zunehmend auch für Container interessante Transportangebote von und nach Hamburg an.
Durch die Wiedervereinigung Deutschlands hat der Hafen Hamburg sein natürliches Hinterland wiedergewonnen, so dass vermehrt Binnenschifftransporte auf der Mittel- und Oberelbe Richtung Magdeburg, Aken, Torgau, Riesa, Dresden und sogar bis in die Tschechische Republik nach Decin, Usti und Lovosice stattfinden.
Entlang der Unterelbe werden z. B. Brunsbüttel, Cuxhaven und Glückstadt bedient. Auch der Elbe-Seitenkanal mit der Verbindung zum Mittellandkanal nach Braunschweig, Haldensleben, Hannover und Minden sowie der Elbe-Lübeck-Kanal sind für den Binnenschiffverkehr des Hamburger Hafens sehr wichtig.
Auch nach Berlin finden regelmäßig Transporte auf den Wasserstraßen statt. Hinzu kommt noch die wachsende Bedeutung der Binnenschiffe für hafeninterne Umfuhren in Hamburg selbst.
Transporte per Binnenschiff sind in der Regel kostengünstiger und umweltfreundlicher als Transporte auf Schiene oder Straße. Aufgrund der großen Transportkapazitäten der Wasserstraßen sind sie zudem sehr zuverlässig.
